《人类简史：从动物到上帝》以演化生物学的角度介绍了人类的历史。赫拉利认为生物学限定了人类活动的极限，而文化则塑造了在极限以内所发生的事情，历史学科则是对文化变迁的记录。《人类简史：从动物到上帝》将从石器时代至今天智人的演化历史分为了四个阶段：认知革命（约公元前70000年，智人演化产生了想象力，出现能够描述故事的语言）、农业革命（约公元前12000年，农业开始发展，智人开始驯化动植物）、人类的融合统一（人类政治组织逐渐融合统一为一个“全球帝国”）、科学革命（约公元1500年至今，出现了现代科学）。
认知革命：“智人之所以得以统治地球，是因为智人是唯一可以大规模且灵活进行合作的物种。”是赫拉利在认知革命章节中的主要观点。赫拉利认为，史前智人的活动，是包括尼安德特人等其他人属物种以及大量其他的大型动物灭绝的重要原因。而智人之所以可以在大规模范围内进行灵活的合作的原因，是因为在“认知革命”之后，智人拥有了创造及相信虚构事物和故事的能力，这些虚构事物和故事包括了神、国家、民族、企业、钱、人权等。赫拉利在书中声称，人类所有大规模合作的系统，包括宗教、政治体制、贸易、法律制度等，都由于智人独特的对“虚构事物和故事”的认知能力而产生。同时，赫拉利将金钱视为一种相互信任的系统，并将政治和经济系统视为或多或少与宗教类似的系统。
农业革命：赫拉利在本章节中的主要观点是：“尽管农业革命促进了智人人口数和小麦、牛等共同进化物种的数量的增长，但农业革命令智人及其驯化、豢养动物的生活方式及饮食变得更为单调无趣，使得绝大多数智人及豢养动物的生活质量，与智人狩猎采集社会时代相比，反而出现了恶化”。在本章及全书中，赫拉利也用了较大篇幅介绍了智人对待其他动物之冷酷。
人类的融合统一：这一章节的主题则是智人在历史进程中，在政治与经济上逐渐走向融合与统一。赫拉利认为，几个世纪以来人类逐渐融合统一的主要动力，包括了资本主义的自由贸易，帝国主义对领土的扩张要求，以及普世主义思想的发展。
科学革命：赫拉利认为起源于欧洲的科学革命，基于当时的精英们一种创新的观点：愿意承认人类的无知，并希望通过以观察和数学为中心的科学研究，补救他们的无知、获得新的能力。这种观点同科学革命之前“世上所有重要的事情都已经为人或为神所知”的想法完全不同。承认人类的无知，成为了早期欧洲帝国主义发展和当前人类文化融合的重要驱动力。赫拉利在这一章节也论述了历史上对幸福研究的匮乏，并认为现代人不见得比过去的人更加幸福。
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